A Procuradoria de Justiça Militar do Ministério Público do Estado de São Paulo foi instituída pela Resolução nº 1.998/2025-CPJ, de 7 de janeiro de 2025, e é composta por dois Procuradores de Justiça. Suas atribuições incluem oficiar junto ao Tribunal Pleno e às Câmaras Julgadoras do Tribunal de Justiça Militar, abrangendo também processos distribuídos antes de sua criação. Além disso, os integrantes da Procuradoria de Justiça Militar participam das sessões de julgamento do Tribunal de Justiça Militar, conforme suas competências.